【VASP】Linux系统下的VASP安装

【VASP】Linux系统下的VASP安装

前言编译前准备1. 查看一下服务器的内核版本和系统架构2. 查看 处理器信息3. 安装gcc, g++, gfortran, make
安装intel编译器Base Toolkit安装包Intel OneAPI HPC ToolkitIntern oneAPI 编译
VASPVASP 6.4.2 安装包将 VASP 添加到环境变量中VASP 测试

前言

之前使用超算,很多软件均已经配置好了,最近使用学校服务器配置个人账号,好处是单独账号可以更好的设置自己的环境了,同样坏处是一片空白,只能一一的配置自己需要的软件了,基于此,本文记录一下在linux服务器上安装 VASP 的步骤,方便以后借鉴。

编译前准备

1. 查看一下服务器的内核版本和系统架构

首先查看一下服务器的内核版本和系统架构:

使用
uname -a
命令,该命令会显示系统的内核版本、主机名、系统架构等信息。


uname -a

下图为我的系统信息。

nodeG1 主机名(Hostname)
6.14.0-27-generic 内核版本号
#27~24.04.1-Ubuntu 内核编译版本标识
SMP PREEMPT_DYNAMIC 内核编译特性
Tue Jul 22 17:38:49 UTC 2 内核编译时间
x86_64 x86_64 x86_64 硬件架构
GNU/Linux 操作系统类型

重点:

系统实际是 Ubuntu 24.04.1 LTS。后续安装依赖(如 Intel OneAPI、MPI 等)时,需选择适配 Ubuntu 24.04 的版本(避免因版本不兼容导致安装失败)。硬件架构兼容性:x86_64 架构。多核支持:SMP 特性说明系统已启用多核支持。

安装gcc, g++, gfortran, make等支持编译器(建议版本低于9,版本太高可能会报错)。

2. 查看 处理器信息

使用
lscpu
命令,它会输出 CPU 的架构、核心数、线程数、主频等详细信息。

3. 安装gcc, g++, gfortran, make

首先查看gcc、g++、gfortran和make的当前版本,判断是否需要安装或降级


gcc --version
g++ --version
gfortran --version
make --version

由于系统已安装故不在处理,为安装的可以通过下述命令进行处理


sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install build-essential --fix-missing #修补安装
sudo apt-get install make

安装intel编译器

① 下载Intel OneAPI Base Toolkit和Intel OneAPI HPC Toolkit,下载完后打开将这两个文件移动到主文件夹(选中直接拖动到主文件夹)

Step1 安装 Intel one API Base Kit & Intel one API HPC Kit

Base Toolkit安装包

intel one API Base Kit

https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/tools/oneapi/base-toolkit-download.html

1、下载Base Toolkit安装包:先进入Intel官网下载地址Download the Intel® oneAPI Base Toolkit,选择需要下载的安装包,分为offline和online版本,offline是直接下好安装包了的,而online是提供下载地址,这里我们选择online版本,也可以使用offline再上传至服务器。

下载完成后上传到服务器中,这里我建立了一个vasp_toolkit 文件夹,存入了这里


sh intel-oneapi-base-toolkit-2025.2.1.44.sh

Installation location: /data/home/wzu23cj/intel/oneapi

安装成功,同时注意保存好安装的地址

Intel OneAPI HPC Toolkit

官网链接:
https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/tools/oneapi/hpc-toolkit-download.html?operatingsystem=linux&distributions=online&version=2023.2.0

或者
https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/hpc-toolkit-download.html?packages=hpc-toolkit&hpc-toolkit-os=linux&hpc-toolkit-lin=online

之前不知道为什么中文版的英特网页出现报错,所以去英文版的网页下载了。


sh intel-oneapi-hpc-toolkit-2025.2.1.44.sh

安装完成后进行测试,是否安装成功。

Intern oneAPI 编译

安装完成后/home目录下会出现一个Intel文件夹,进入intel/openapi打开终端,执行命令:


source ./setvars.sh

验证安装是否正确:输入以下命令,若能返回所在路径,即安装正确


which icx
which icpx
which ifort
which mpirun
echo $MKLROOT

注: oneAPI_2024版本中不再使用icc、icpc,而改用icx、icpx,这将影响到后续vasp的编译。

然后编译libintel64


cd /data/home/ecnucj/intel/oneapi/mkl/2025.2/share/mkl/interfaces/fftw3xf
make libintel64

编译完成后,在fftw3xf文件夹里会出现 libfftw3xf_intel.a 文件。

注: oneAPI_2024版本中的fftw3xf文件夹的路径与旧版本是不同的,旧版本oneAPI请参考其他资料编译。

将以上步骤严格执行后,便完成了intel编译器的安装!但是注意需要将intel oneapi添加至环境变量中,不然每次使用都要重新编译
将Intel oneapi的安装目录添加至.bashrc

VASP

官方网站提供了软件学习的examples与tutorials:

https://www.vasp.at/wiki/index.php/Category:Examples

VASP 6.4.2 安装包

百度网盘链接: https://pan.baidu.com/s/1fbXem8Zk9E_OnyIXANxemg?pwd=t35v 提取码: t35v

下载对应安装包到服务器的文件夹中进行解压


tar -zxvf vasp.6.4.2.tgz

进入解压后的文件夹:cd vasp.6.4.2

继续进入该目录下的arch文件夹:cd arch

将arch文件中的makefile.include.intel文件复制到前一级文件夹中,修改名字为makefile.include


cd arch/
cp makefile.include.intel ../
cd ..
mv makefile.include.intel makefile.include 

修改makefile.include文件

FC = mpiifort >>> FC = mpiifx

FCL = mpiifort >>> FCL = mpiifx

CC_LIB = icc >>> CC_LIB = mpiicx

CXX_PARS = icpc >>> CXX_PARS = icpx

在此目录下(也就是 vasp.6.4.2目录下),命令行窗口输入命令
make all
开始进行VASP的编译。

注意编译时间很久,约一两个小时。如果编译过程不小心终端,使用
make veryclean
命令清理之前的错误编译产物在重新编译。


make veryclean

将 VASP 添加到环境变量中

编译成功后,回到home目录
cd ~

进入.bashrc文件,将vasp的路径信息加入.bashrc文件末尾


export PATH=$PATH:/data/home/ecnucj/vasp/vasp.6.4.2/bin

在命令行执行
source .bashrc
,便可使用VASP


source .bashrc

VASP 测试

VASP安装成功后,在bin文件夹下产生三个可执行文件(vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std),我们主要使用的是vasp_std。下面将调用vasp_std测试VASP的运行。

进入vasp官网 https://www.vasp.at/wiki下载需要测试的算例,这里的算例提供了赝势文件,方便测试。

依次点击 main page—learn——Tutorials——Atoms and molecules——Part1: Introduction to vasp——Download this tutorials


unzip molecules-part1.zip #解压下载的算例 

cd molecules #进入解压得到的molecules文件夹

ls #会发现有三个部分

cd e01_O-DFT #进入第一部分

ls #可看到标准的四个vasp输入文件 

在命令行执行mpirun -np 4 vasp_std开始vasp的计算,计算结束后产生一系列文件。


mpirun -np 4 vasp_std

附 vaspkit 的安装与使用链接,方便快速生成 VASP的输入文件:
https://blog.csdn.net/weixin_43848614/article/details/147252122?spm=1011.2415.3001.5331

参考资料:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/1897698693030855390

https://www.guohaoming.com/?p=1153

https://zhuanlan.zhihu.com/p/721204903

https://blog.csdn.net/passsive/article/details/132982277

https://blog.csdn.net/qq_40481843/article/details/137368717

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